กฎหมายความมั่นคงซึ่งรัฐบาลจีนปักกิ่งประกาศใช้ในฮ่องกงส่งผลต่อการทำงานขององค์การเอ็นจีโอและหน่วยงานด้านสิทธิมนุษยชนหลายหน่วยงาน อย่างเช่น Human Rights Watch ได้ปิดสำนักงานและถอนตัวออกจากฮ่องกง ส่วนองค์การนิรโทษกรรมสากลหรือ Amnesty International ก็ปิดสำนักงานของตนในฮ่องกงเมื่อวันที่ 31 ตุลาคมรวมทั้งประกาศจะปิดสำนักงานระดับภูมิภาคซึ่งทำงานเกี่ยวกับการวิจัยภายในสิ้นปีนี้เช่นกัน
Anjhula Mya Singh Bais ประธานคณะกรรมการของ Amnesty International ระบุในคำแถลงเมื่อปลายเดือนตุลาคมว่า เป็นเรื่องที่เป็นไปไม่ได้สำหรับองค์การดังกล่าวที่จะทำงานได้อย่างเสรีและปราศจากความหวาดกลัวเรื่องการตอบโต้แก้แค้นจากรัฐบาลฮ่องกงภายใต้กฎหมายความมั่นคงฉบับใหม่นี้ และว่า เจ้าหน้าที่รัฐบาลฮ่องกงใช้กฎหมายดังกล่าวตามอำเภอใจเพื่อจำกัดสิทธิมนุษยชนและจำกัดเสรีภาพของการแสดงออก การรวมตัว และการตั้งสมาคมด้วย
ตั้งแต่มีการประกาศใช้กฎหมายความมั่นคงนี้ในฮ่องกงเมื่อปีที่แล้ว มีบุคคลต่างๆ ทั้งที่เป็นสมาชิกพรรคฝ่ายค้าน กลุ่มเรียกร้องประชาธิปไตยและนักศึกษามหาวิทยาลัยในฮ่องกงถูกจับกุมและถูกตั้งข้อหาก่อการร้าย พยายามแบ่งแยกดินแดน หรือร่วมมือกับต่างชาติและบ่อนทำลายไปแล้วกว่า 100 คน
อย่างไรก็ตาม นางแครี่ แลม ผู้บริหารสูงสุดของฮ่องกงได้บอกปัดและตั้งคำถามเรื่องความเกี่ยวโยงระหว่างกฎหมายดังกล่าวกับการถอนตัวขององค์การนิรโทษกรรมสากลจากฮ่องกง พร้อมกล่าวว่า กฎหมายที่ว่านี้มีขึ้นเพื่อปกป้องสิทธิกับเสรีภาพของผู้คนในฮ่องกง
