เมื่อวันที่ 22 กันยายน พลเรือเอก Mike Mullen ประธานผู้บัญชาการเหล่าทัพร่วมของสหรัฐซึ่งกำลังจะพ้นจากตำแหน่ง กล่าวจุดประเด็นเรื่องหน่วยข่าวกรองปากีสถานหรือ ISI สนับสนุนการโจมตีอาคารต่างๆของสหรัฐในกรุงคาบุล โดยระบุว่ากองทัพปากีสถานและ ISI ใช้กองกำลังติดอาวุธเป็นตัวแทนในการรักษาฐานอำนาจในอาฟกานิสถาน ซึ่งเป็นอันตรายต่อความความร่วมมือทางยุทธศาสตร์ระหว่างสหรัฐกับปากีสถาน อย่างไรก็ตาม นักวิเคราะห์หลายคนชี้ว่าสหรัฐเองที่เป็นผู้ยก ISI ขึ้นมามีพลังอำนาจในจุดที่เป็นอยู่
ISI ก่อตั้งขึ้นเมื่อ 63 ปีก่อนโดยกองทัพอังกฤษหลังการแบ่งแยกอินเดียกับปากีสถาน ตั้งแต่นั้นจนถึงบัดนี้ ISI คือหนึ่งในหน่วยงานด้านข่าวกรองหลายแห่งของปากีสถานที่มีหน้าที่หลักป้องกันไม่ให้สายลับอินเดียแทรกซึมเข้ามาในกองทัพปากีสถาน แต่อำนาจของ ISI ขยายตัวขึ้นเมื่อ ISI เริ่มใช้กองกำลังติดอาวุธชาวมุสลิมเพื่อปฏิบัติการในประเทศเพื่อนบ้านอาฟกานิสถานตั้งแต่คริสทศวรรษ 1980 ในช่วงสงครามต่อต้านสหภาพโซเวียตเวลานั้น ด้วยความช่วยเหลือจากสำนักงานข่าวกรองกลางสหรัฐหรือ CIA
ศาสตราจารย์ Owen Sirrs แห่งมหาวิทยาลัยรัฐมอนทาน่า ผู้เขียนหนังสือเกี่ยวกับหน่วยข่าวกรองปากีสถานชี้ว่า CIA ให้อำนาจกับ ISI ในการตัดสินใจเรื่องการโยกย้ายเงินทุน อาวุธและความช่วยเหลืออื่นๆในหมู่ขบวนการมุสลิมที่ต่อต้านสหภาพโซเวียตในอาฟกานิสถาน ซึ่งทำให้ ISI มีอำนาจมหาศาลเพราะสามารถชี้เป็นชี้ตายได้ว่าใครจะเป็นผู้ปกครองอาฟกานิสถานต่อไป เรียกได้ว่าเป็น Kingmaker ศาสตราจารย์ Sirrs ยังบอกด้วยว่า ISI มักจะนิยมสนับสนุนกลุ่มมุสลิมฝักใฝ่ความรุนแรง เช่นเครือข่ายฮัคคานีซึ่งทางสหรัฐเชื่อว่าเป็นผู้ก่อการโจมตีอาคารของสหรัฐในอาฟกานิสถานเมื่อเร็วๆนี้ และเชื่อว่าเป็นพันธมิตรสำคัญของกลุ่มทาลีบาน
นักวิเคราะห์หลายคนเชื่อกันว่า ISI มีส่วนในการก่อตั้งและสนับสนุนกลุ่มทาลีบานให้ขึ้นสู่อำนาจในอาฟกานิสถานเมื่อคริสทศวรรษ 1990 ซึ่งความเห็นของน็Hพลเรือเอก Mike Mullen ย้ำชัดถึงความสัมพันธ์ที่แข็งแกร่งระหว่าง ISI กับทาลีบาน แต่นายกรัฐมนตรีปากีสถาน Yusuf Gilani ปฏิเสธข้อกล่าวหานี้หนักแน่น พร้อมชี้ว่าข้อกล่าวหาของสหรัฐแสดงให้เห็นถึงความสับสนทางนโยบายของสหรัฐที่มีต่ออาฟกานิสถาน
อย่างไรก็ตาม ศาสตราจารย์ Christine Fair แห่งมหาวิทยาลัยจอร์จทาวน์ในกรุงวอชิงตัน เชื่อว่าความสัมพันธ์ระหว่าง ISI กับกลุ่มทาลีบานและกองกำลังติดอาวุธกลุ่มอื่นๆมีอยู่จริง แต่เป็นไปอย่างสลับซับซ้อน ซึ่งเป็นเรื่องผิดพลาดที่สหรัฐมิได้เรียนรู้และเข้าใจการเปลี่ยนแปลงในกลุ่มทาลีบานในช่วง 10 ปีที่ผ่านมา
ด้านศาสตราจารย์ Owen Sirrs แห่งมหาวิทยาลัยรัฐมอนทาน่าสรุปว่าขณะนี้ ISI กำลังจับตามองกระบวนการเจรจาปรองดองระหว่างกลุ่มทาลีบานกับรัฐบาลอาฟกานิสถานหรือสหรัฐอย่างใกล้ชิด เพื่อควบคุมหรือบงการผลลัพธ์ให้เป็นไปดังที่ ISI หรือกองทัพปากีสถานต้องการ
