ศาลของอินโดนีเซียตัดสินจำคุกนาย Sigit Indrajit ผู้วางแผนใช้ระเบิดโจมตีสถานทูตพม่าในกรุงจาร์กาต้าเมื่อเดือนพฤษภาคมปีที่แล้วเป็นเวลาเจ็ดปีครึ่ง โดยนาย Sigit Indrajit สารภาพว่าตนต้องการแก้แค้นให้กับการเสียชีวิตของชาวมุสลิมโรฮิงจะซึ่งเป็นชนกลุ่มน้อยของพม่าที่รัฐบาลพม่าไม่ยอมให้สัญชาติ ตามคำเรียกร้องของนาย Abu Bakar Bashir ผู้ร่วมก่อตั้งองค์การ Jemaah Islamiyah หรือ JI ซึ่งวางแผนโจมตีไนท์คลับบนเกาะบาหลีเมื่อปี 2545 แต่นาย Todd Elliot นักวิเคราะห์ด้านความมั่นคงของบริษัท Concorde Consulting ชี้ว่าโทษจำคุกดังกล่าวยังไม่หนักพอเมื่อเทียบกับความรุนแรงของแผนโจมตี และนาย Sigit Indrajit ผู้นี้คงได้รับการปล่อยตัวก่อนครบโทษและกลับเข้าร่วมขบวนการก่อการร้ายอีกโดยจะมีสถานะชื่อเสียงเป็นที่ยอมรับมากกว่าเดิม ส่วนนาย Noor Huda ผู้เชี่ยวชาญด้านการก่อการร้ายของสถาบัน Institute for the International Peace Building ก็มองว่าโดยทั่วไปแล้วผู้ต้องหาคดีก่อการร้ายซึ่งถูกจำคุกมักจะมีแนวความคิดรุนแรงมากขึ้นเมื่อได้รับการปล่อยตัวออกมา และว่านักโทษคดีก่อการร้ายมักจะมีสติปัญญาเฉลียวฉลาดกว่านักโทษโดยทั่วไป และมักใช้โอกาสของการพบปะกับนักโทษอื่นๆ ระหว่างที่ถูกจำคุกอยู่เพื่อเกลี้ยกล่อมชักจูงนักโทษให้เข้าร่วมขบวนการของตน
ขณะนี้อินโดนีเซียมีประชากรมุสลิมมากกว่าพลเมืองของประเทศอาหรับรวมกันทั้งหมด แต่ชาวมุสลิมในอินโดนีเซียส่วนใหญ่ไม่นิยมความรุนแรง อย่างไรก็ตาม Jihad หรือการทำสงครามอันศักดิ์สิทธิ์ในหลายประเทศ นับตั้งแต่ฟิลิปปินส์ไปจนถึงอาฟกานิสถานเป็นผลให้เกิดกลุ่มที่ใช้แนวทางแบบสุดโต่งหลายกลุ่มอยู่ในอินโดนีเซียมานานนับสิบปีแล้ว
ขณะนี้อินโดนีเซียมีประชากรมุสลิมมากกว่าพลเมืองของประเทศอาหรับรวมกันทั้งหมด แต่ชาวมุสลิมในอินโดนีเซียส่วนใหญ่ไม่นิยมความรุนแรง อย่างไรก็ตาม Jihad หรือการทำสงครามอันศักดิ์สิทธิ์ในหลายประเทศ นับตั้งแต่ฟิลิปปินส์ไปจนถึงอาฟกานิสถานเป็นผลให้เกิดกลุ่มที่ใช้แนวทางแบบสุดโต่งหลายกลุ่มอยู่ในอินโดนีเซียมานานนับสิบปีแล้ว