ในฐานะเลขาธิการสหประชาชาติ หรือ ยูเอ็น จากปี พ.ศ.2540 - 2549 ความสำเร็จสูงสุดของโคฟี่ อันนัน คือการผลักดันโครงการและนโยบายต่างๆ เพื่อลดความไม่เท่าเทียมทั้งภายในประเทศและระหว่างประเทศ การต่อสู้กับโรคติดต่อชนิดต่างๆ และการส่งเสริมสิทธิมนุษยชน และการปกป้องประชาชนจากอาชญากรรมสงคราม รวมทั้งการฆ่าล้างเผ่าพันธุ์
เขาเป็นผู้ประกาศนโยบายเป้าหมายการพัฒนาแห่งสหัสวรรษของยูเอ็น (U.N. Millennium Development Goals) ที่งานประชุมผู้นำโลกในปี 2543 เพื่อลดความยากจนสุดขั้วลงให้ได้ครึ่งหนึ่ง เพื่อส่งเสริมความเท่าเทียมทางสิทธิสตรี การให้การศึกษาระดับประถมแก่เด็กทุกคน การลดอัตราการเสียชีวิตของแม่และเด็ก ตลอดจนการหยุดยั้งการแพร่ระบาดของโรคเอดส์ โดยตั้งทำให้สำเร็จให้ได้ทั้งหมดนี้ภายในปี พ.ศ. 2559
และจากบรรดาเป้าหมายทั้งหมดเหล่านี้ มีเพียงไม่กี่อย่างเท่านั้นที่ทำได้สำเร็จเต็มขั้น และได้นำไปไว้ในแผนการพัฒนาอย่างยั่งยืนแผนต่อมาของยูเอ็น โดยยังรวมเอาประเด็นอื่นๆ เข้าไว้ด้วย ตั้งแต่ การเปลี่ยนแปลงสภาพภูมิอากาศโลก พลังงานสะอาดที่มีราคาถูกลง และการส่งเสริมสันติสุขและความยุติธรรม
ก่อนหน้าที่จะขึ้นดำรงตำแหน่งผู้นำยูเอ็น โคฟี่ อันนัน เคยเป็นหัวหน้างานรักษาสันติภาพของยูเอ็น และเขาถูกกล่าวว่ามีส่วนในความล้มเหลวของยูเอ็นที่ไม่สามารถป้องกันการฆ่าล้างเผ่าพันธุ์ในราวันดาในปี พ.ศ. 2537 และในบอสเนียปี พ.ศ. 2538
เมื่อเขาขึ้นดำรงตำแหน่งผู้นำยูเอ็น อันนันได้ร่างกฏระเบียบขึ้นมา เรียกว่า "การแทรกแซงทางมนุษยชนเพื่อป้องกันไม่ให้รัฐบาลและผู้นำสังหารประชาชนของตนเอง"
ในงานประชุมประจำปีของยูเอ็นในปี พ.ศ. 22548 ประเทศสมาชิกหลายชาติคัดค้านกฏระเบียบใหม่นี้ แต่สมาชิก 191 ชาติให้การรับรองกฏระเบียบใหม่ ซึ่งต่อมามีบทบาทในการป้องกันการฆ่าล้างเผ่าพันธุ์ อย่างไรก็ตาม แม้จะมีการกล่าวอ้างถึงกฏระเบียบนี้กันบ่อยครั้ง แต่กลับไม่ค่อยมีการนำไปใช้มากนัก ซึ่งสร้างความผิดหวังแก่บรรดาเจ้าหน้าที่ยูเอ็น
ในช่วงการนำของ โคฟี่ อันนัน ยูเอ็นประสบความสำเร็จในการส่งเสริมความร่วมมือของยูเอ็นกับบริษัทเอกชน มูลนิธิ มหาวิทยาลัยและกลุ่มประชาสังคม ความร่วมมือนี้นำไปสู่การก่อตั้งโครงการ Global Compact ในปี พ.ศ. 2544 โดยอันนันได้ขอให้ผู้นำบริษัทเอกชนประกาศว่าจะยึดมั่นในหลักการ 10 อย่างที่เกี่ยวกับสิทธิมนุษยชน แรงงาน สิ่งแวดล้อม และต่อต้านการทุจริต และมีซีอีโอระดับชั้นนำทั่วโลกมากกว่าเก้าพันคนเข้าร่วมในความร่วมมือนี้ และยังมีสมาชิกใหม่เข้าร่วมอยู่ตลอดเวลา
ปัจจุบัน ประเด็นความรับผิดชอบของภาคธุรกิจได้กลายเป็นหลักการสำคัญในการทำธุรกิจทั่วโลก
ตอนที่อันนันส่งมอบงานผู้นำยูเอ็นต่อให้กับนายบัน คี-มูน (Ban Ki-moon) เขาบอกว่าจะยังเดินหน้าทำงานแก้ปัญหาที่เกี่ยวข้องกับชาวแอฟริกัน งานด้านสิทธิมนุษยชน ภาวะโลกร้อน และปัญหาการปกครองต่อไป และเขายังได้ออกมาแสดงความคิดเห็นเป็นบางครั้งบางคราว
เขาเคยวิจารณ์นโยบายต่างประเทศแบบโดดเดี่ยวของสหรัฐฯ ว่าทำให้สหรัฐฯ อ่อนแอลง และย้ำความสำคัญของความร่วมมือกันแบบพหุภาคีและอันตรายจากการส่งเสริมความเป็นชาตินิยม
โคฟี่ อันนัน เดินหน้าทำงานตามความมุ่งมั่นของเขาต่อไปผ่านทางมูลนิธิของเขา และในฐานะหัวหน้ากลุ่มของอดีตผู้นำคนสำคัญๆ ของโลก ที่เรียกว่า The Elders ซึ่งก่อตั้งโดย เนลสัน มันเดลลา จนกระทั่งถึงแก่อสัญกรรม
(เรียบเรียงโดยทักษิณา ข่ายแก้ว วีโอเอภาคภาษาไทยกรุงวอชิงตัน)